Um 1800 fand für die Katholiken in Weitmar kein Gottesdienst mehr statt. Sie orientierten sich nach St. Peter und Paul (Propstei) und ab 1844 teilweise auch nach Linden zur dort errichteten Liebfrauengemeinde. Im Jahre 1815 waren von den in 62 Häusern lebenden 468 Weitmarer Einwohnern 166 katholisch Die katholische Bevölkerung stieg bald durch den Kohlebergbau rasch an. 1832 entstand der erste Tiefschacht in Weitmar. 1864 wurden bereits 1600 Katholiken gezählt.

Unter großen Opfern bauten sie 1863/64 eine Kapelle zu Ehren des hl. Franziskus von Assisi. Wilhelm Strunk wurde Vikar an dieser Kapelle. 1872 erfolgte dann die Erhebung zur selbständigen Pfarrei mit Wilhelm Strunk als erstem Pfarrer.

Zechen und Industriewerke ließen im folgenden Jahrzehnt die Zahl der Katholiken auf 3300 anwachsen. Die Kapelle wurde zu klein und musste durch einen größeren Neubau ersetzt werden. Man brach die Kapelle ab und begann 1883, an ihrem Platz und teilweise mit dem abgebrochenen Material unsere heutige St. Franziskuskirche zu bauen.

Am Palmsonntag, dem 29. März 1885, wurde die Kirche gesegnet. Aber erst im Jahre 1886, am Patronatsfest, dem 4. Oktober, wurde sie geweiht von Bischof Dr. Georg Kopp von Fulda in Vertretung des erkrankten Bischofs von Paderborn.

Einige Jahre später wurden von der St. Franziskusgemeinde zunächst zwei Pfarreien abgepfarrt: 1916 St. Anna Weitmar-Nord und 1933 St. Theresia Eppendorf.

Ein paar Jahre vor dem 50jährigen Jubiläum, 1932, erfolgte eine erste umfangreichere Renovierung der Pfarrkirche. Das damalige Kirchenschiff erhielt eine farbige Ausmalung in Gelb-, Rot- und Brauntönen. Dafür musste das mittlere Chorfenster zugemauert werden. Über den Hochaltar malte der Künstler Bernd Terhorst ein großes Wandgemälde des hl. Franziskus, der von einer Sonne umstrahlt wurde. Links und rechts neben dem Altar befand sich jeweils ein Wandbild von einem Engel. Auch die Seitenaltäre und die Kreuzwegstationen wurden renoviert.