Der zweite Weltkrieg verschonte auch die St. Franziskus-Kirche nicht. Bei einem großen Luftangriff auf Weitmar am 9. Oktober 1944 erhielt unsere Kirche zwei Treffer und wurde stark zerstört, jedoch blieben der größte Teil der Umfassungsmauern und der Turm stehen. Damit blieben auch die drei Stahlglocken aus dem Jahre 1921, die Maria, Joseph und Franziskus geweiht waren, erhalten.

Vorübergehend diente das Schwesternhaus an der Wasserstraße zur Feier des Gottesdienstes, aber es konnte nur einen kleinen Teil der Gemeinde fassen. 1946 wurde in den Ruinen eine Notkirche errichtet, jedoch der Wunsch nach der Wiederherstellung der Kirche bestand weiter. Gleichzeitig wurde im Oktober desselben Jahres der Grundstein für eine weitere Notkirche auf dem Kirchengrundstück Vierzehnheiligen gelegt und nur ein Jahr später wurde dann die Pfarrei Vierzehnheiligen abgepfarrt.

Im ersten Bauabschnitt wurde dann bis 1949 die Kirchenhalle der St. Franziskuskirche wieder aufgebaut. Statt der gotischen Kirche mit dem auf vielen Pfeilern ruhenden Gewölbe entstand eine Hallenkirche. Das Mittelschiff und die Seitenschiffe wurden gleich hoch und erhielten eine Rabitzdecke und einen eisernen Dachstuhl. Durch eine provisorische Wand wurden die Ruinen des Chorraumes abgetrennt und die Orgelbühne wurde für Chor- und Orchestersitzplätze vergrößert.

Vieles wurde in Selbsthilfe geschaffen. Freiwillige Helfer stellten sich zur Verfügung. Ein Beispiel für die Schwierigkeit der Materialbeschaffung zeigte sich darin, dass Bergleute ihre Deputatkohle abgaben und dafür Zement, Steine und Holz besorgt werden konnten. Nach der Währungsreform gelang es, einen Kredit zu bekommen. Zu seiner Verzinsung und Amortisation wurde der Kirchbausammelverein gegründet.

Im zweiten Bauabschnitt wurde 1952 der Chorraum wiederaufgebaut. Dieser wurde dabei höhergelegt und unterkellert für eine Leichenhalle , sowie ganz neugestaltet. Neue Statuen der Muttergottes und des hl. Josef wurden aufgestellt. 1954 wurde die neue Orgel eingeweiht, die 1981 mit den letzten Registern einen größeren Umfang erreichte. 1966 wurde der Kirchturm renoviert und mit Kupfer gedeckt. Eine weitere größere Veränderung erfuhr die Gemeinde 1959 durch die Gründung der Pfarrei Hl. Familie und dem Bau einer Dankeskirche durch die Kriegsheimkehrer.