Der Zweite Weltkrieg (1939-1945) verschonte auch die St. Franziskus-Gemeinde nicht. Es gab zahlreiche Tote und Zerstörungen zu beklagen.  Bei einem großen Luftangriff auf Weitmar am 9. Oktober 1944 erhielt die Pfarrkirche zwei Treffer und wurde stark zerstört, jedoch blieben der größte Teil der Umfassungsmauern und der Turm stehen. Damit blieben auch die drei Stahlglocken aus dem Jahre 1921, die Maria, Joseph und Franziskus geweiht waren, erhalten.

In den Ruinen wurde 1946 eine Notkirche für die Gottesdienste errichtet. Gleichzeitig wurde im Oktober desselben Jahres der Grundstein für eine weitere Notkirche auf dem Kirchengrundstück Vierzehnheiligen gelegt und nur ein Jahr später wurde dann die Pfarrei Vierzehnheiligen abgepfarrt.

Eine weitere größere Veränderung erfuhr die Gemeinde 1959 durch die Gründung der Pfarrei Hl. Familie und dem Bau einer Dankeskirche durch die Kriegsheimkehrer.

Trotz der Abpfarrungen war die damalige Pfarrei St. Franziskus mit 8000 Katholiken die größte Pfarrei Weitmars.

Wiederaufbau der St. Franziskuskirche

Schrägluftbild der Kirche um 1955